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BIOGER

BIOlogie et GEstion des Risques en agriculture - Champignons Pathogènes des Plantes

BIOGER et R-Syst

BIOGER et R-Syst

Au sein de l'unité BIOGER_CPP la plateforme R-syst développe quatre grands axes de travail :

Taxonomie fongique : Les champignons se distinguent des autres eucaryotes par l'insuffisance de caractères morphologiques capables de bien discriminer les différentes espèces. Cette situation est illustrée par l'existence d'espèces fongiques cryptiques qui n'ont été mises en évidence qu'à l'aide d'outils moléculaires et par la classification erronée d'espèces sur la base de critères morphologiques des formes asexuées. Ainsi la partie taxonomique du projet R-syst " champignons " se focalisera sur l'utilisation de marqueurs moléculaires (bar coding et gènes taxonomiquement fiables) pour classer les espèces fongiques étudiées, et identifier de nouvelles espèces. Le développement des technologies de séquençage haut débit de génomes va conduire à la multiplication de données moléculaires sur ces organismes, ce qui facilitera les analyses de génomique comparative utiles pour la taxonomie fongique. La plateforme R-syst participera à de tels projets, en particulier les expériences de dénombrement taxonomique à l'aide des outils de la métagénomique. La corrélation entre taxonomie classique et taxonomie moléculaire sera un point important de ce projet grâce aux réseaux de spécialistes constitués au sein de R-Syst.

Diagnostic : Des outils de diagnostic classiques (PCR, PCR en temps réel) sont en cours de développement sur les différentes espèces de Fusarium au sein de l'unité. D'autres groupes /espèces seront étudiées et de nouvelles technologies mises en place (SNPlex, séquençage haut débit) afin d'améliorer la détection qualitative et quantitative des champignons phytopathogènes de maladies récurrentes et connues. La détection de maladies émergentes ou invasives sera également envisagée.

Etiologie : De nombreuses données ont été accumulées par l'ancien service de détermination de l'unité pathologie végétale de Versailles. Ces données vont être récupérées et stockées dans des bases de données informatiques développées au sein de R-Syst et rendues accessible à la communauté scientifique.

Animation d'un réseau de taxonomie/diagnostic fongique : Jusqu'à présent la communauté des champignons Française est morcelée. Une des principales activités de BIOGER-syst sera l'animation d'un réseau de taxonomie fongique (R-syst champignon), la gestion de la base de données (moléculaires et morphologiques) ainsi que la création d'un support technique pour le maintien des collections existantes.