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BIOGER

BIOlogie et GEstion des Risques en agriculture - Champignons Pathogènes des Plantes

Nos axes de recherche & résultats récents

-- Processus infectieux d'un champignon nécrotrophe
CycleSafeGrape
ClusterGenesis

   L’équipe a mis en place des approches transcriptomiques visant à caractériser le programme infectieux de B. cinerea sur différents hôtes dont la vigne. Ces analyses ont montré que de nombreux gènes de synthèse de métabolites secondaires sont plus particulièrement exprimés durant la colonisation des tissus végétaux (Amselem et al. 2011 ; Kelloniemi et al., 2015 ; projet ANR SafeGrape). Des approches complémentaires de mutagénèse aléatoires ont permis d’identifier d’autres acteurs clefs du développement de la pourriture grise (Schumacher et al., 2014 ; projet ANR BotBank).

Collaborations : Benoit Poinssot (AgroEcologie, INRA Dijon), Serge Delrot  (Ecophysiologie et Génomique Fonctionnelle de la Vigne, INRA Bordeaux), Julia Schumacher et Paul Tudzynski (U. Muenster, Allemagne), Nathalie Poussereau (U. Lyon).

-- Métabolites secondaires (MS) intervenant dans le processus infectieux

   L’annotation du génome de B. cinerea a montré que ce champignon a le potentiel de synthétiser plus de 40 MS dont la grande majorité reste méconnue (revue Collado & Viaud 2016). Les gènes de synthèse du botrydial et de l’acide botcinique ont été identifiés et le rôle redondant de ces deux phytotoxines dans la nécrotrophie a été démontré (Dalmais et al., 2011). Nos objectifs sont d’identifier les autres MS (terpènes, polycétides, peptides non ribosomiques…) produits par B. cinerea, et déterminer leurs activités biologiques et leurs modes d’action (projet ANR HerbiFun). A terme, il s’agit de comprendre le rôle du répertoire de SM dans la nécrotrophie et/ou dans d’autres phases du cycle de vie de l’agent de la pourriture grise.

BotBoa

Collaborations : Isidro G. Collado (U. Cadiz, Espagne), Paul Tudzynski (U. Muenster, Allemagne),  Stéphane Mann (MNHN Paris), Jamal Ouazzani (ICSN, CNRS Gif), Fernando Pieckenstain (CONICET, Chascomús, Argentine).

-- Régulation du métabolisme secondaire chez B. cinerea.
FociNuc

   Chez les champignons, les gènes nécessaires à la synthèse de chaque MS sont organisés en clusters. Les clusters de synthèse du botrydial et de l’acide botcinique sont à la fois régulés par des FT spécifiques (i.e. BcBOT6 et BcBOA13 ; Porquier et al. 2016) et par des FT globaux (e.g. YOH1 ; Simon et al., 2013). Par ailleurs, ces clusters et d’autres dépendent du complexe Velvet qui relie métabolisme secondaire et développement sexué versus asexué (Schumacher et al., 2012, 2013, 2015). Enfin, la caractérisation de gènes impliqués dans les modifications post-traductionnelles des histones suggère que la structure de la chromatine jouerait également sur la synthèse des phytotoxines et autres MS de B. cinerea (Thèse Antoine Porquier). Par des approches de séquençage haut-débit (RNAseq, MAINEseq …), génétique et simple-hybride nous cherchons à obtenir une vue globale de la régulation de la synthèse des MS, de la perception du signal environnemental à l’activation d’un ou plusieurs clusters (revue Viaud et al. 2016, projet SPE Nucléosomes).

Collaborations : Julia Schumacher (U. Muenster, Allemagne), Nadia Ponts (MycSA, INRA Bordeaux), Isabelle Fudal, Jessica Soyer, Nicolas Lapalu et Sabine Fillinger (BIOGER).

-- Spécialisation partielle à l’hôte chez un champignon polyphage (Axe de recherche commun avec l’équipe AMAR)

   La structure des populations de pourriture grise et des tests d’inoculation croisés suggèrent qu’il existerait chez B. cinerea une spécialisation partielle sur certains hôtes. Par des approches de génomique des populations, nous recherchons les déterminants génomiques (gènes, petits ARN interférents …) de la spécialisation à l’hôte (Thèse Alex Mercier; projet BASC Daphné et projet SPE Paris-Match).

 

Vigne
tomatequipourrit

Collaborations : Anne-Sophie Walker (BIOGER), Pierre Gladieux et Elisabeth Fournier (INRA Montpellier), Tatiana Giraud (ESE, CNRS Orsay), Benoit Poinssot (AgroEcologie, INRA Dijon).

 -- Support bioinformatique

-      Plateau bioinformatique BIOGER 

-      CATi BBRIC

-       URGI

-       Genotoul

 -- Interfaces web publiques produites par l'équipe

Portail des annotations de Botrytis cinerea (A. Simon & M. Viaud) :

BotPortal

Répertoire des mutants de Botrytis cinerea (A. Simon & M. Viaud) :

BotMut

Interface web d'analyse des puces NimbleGen (Simon et Biot, 2010) :

ANAIS