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BIOlogie et GEstion des Risques en agriculture - Champignons Pathogènes des Plantes

Axe 1 - Processus et mécanismes épidémiques centrés sur l'inoculum

L'objectif de cet axe de recherche est de caractériser les processus épidémiques qui conditionnent le développement des maladies fongiques du blé, à différentes échelles de temps (échelle d'un ou plusieurs cycle infectieux, annuelle, voire pluriannuelle) et d'espace (gène, plante, couvert, paysage, continent). Concrètement, nous étudions les conditions qui influencent le déclenchement d'une épidémie, les différentes composantes du cycle biologique au cours d'une saison de culture (dynamique épidémique), et la survie des agents pathogènes entre deux saisons (récurrence pluriannuelle). Dans cette perspective, la comparaison des modèles biologiques que sont les rouilles et la septoriose du blé est particulièrement intéressante : P. triticina et P. striiformis sont des parasites biotrophes stricts, dont le développement et la survie ne peuvent avoir lieu que sur des tissus hôtes vivants (culture de blé de l'année ou repousses) ; Z. tritici peut en revanche survivre sous forme saprophyte sur des résidus de blé, siège de la reproduction sexuée. Nous nous intéressons au rôle des repousses de blé sur la survie locale de P. triticina. Nous étudions également les phases précoces des épidémies de septoriose (quantité, efficacité et origine de l'inoculum primaire ; thèse de David Morais) et les déterminants de la reproduction sexuée chez Z. tritici. La finalité de ces travaux est de limiter la survie de l’agent pathogène entre deux saisons de culture et donc la quantité d'inoculum primaire responsable du déclenchement d’une épidémie. Une étude est actuellement menée dans le cadre de la thèse de Lydie Kerdraon (collaboration avec l'IRHS d'Angers) pour caractériser la diversité microbiologique des résidus de culture de blé et de colza (approche de métagénomique) et tenter d'estimer les effets de différents microorganismes sur la survie de Z. tritici et de Leptosphaeria maculans, un champignon parasite du colza.

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Nous menons par ailleurs des recherches sur l'analyse des risques que font courir les parasites des végétaux aux systèmes cultivés et aux espaces naturels, qu'ils soient la conséquence d’introductions naturelles (invasions biologiques), accidentelles (justifiant des mesures de quarantaine), ou délibérées (actes de malveillance et agroterrorisme). Certains membres de l'équipe sont investis dans des activités d'expertises au sein de différents organismes nationaux (ANSES, DGAL, CTPS) et internationaux (UE).