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L’unité EcoSys est impliquée dans des formations du département SIAFEE (Sciences et ingénierie agronomiques, forestières, de l’eau et de l’environnement) d’AgroParisTech et de la School BASE (Biodiversité, agriculture et alimentation, société, environnement) de l’Université Paris-Saclay. Elle intervient dans des nombreuses formations de master et est impliqué entre autres dans la coordination des parcours « Climate, land use, ecosystem services » (CLUES) et « Gestion des sols et services écosystémiques »  (GSSE) du master « Agrosciences, environnement, territoires, paysages, foret » (AETPF) de l'Université Paris-Saclay, du master international « Gestion et traitement des eaux, des sols et des déchets » et dans les dominantes d'approfondissement" d'AgroParisTech, et des dominantes d'approfondissement du cycle ingénieur d'AgroParisTech « Ingénierie de l’environnement : eaux, déchets, aménagements durables » et « MetaTox : De l’évaluation à la gestion des risques toxicologiques pour la santé des écosystèmes et de l’homme ».

L’unité est affiliée aux Écoles doctorales d’Île-de-France Agriculture, alimentation, biologie, environnement, santé (ABIES) et Sciences de l’environnement.

Elle assure chaque année la formation d’environ 20 doctorants, 7 post-doctorants et 50 stagiaires de courte durée.