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Dernière mise à jour : Mai 2018

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BIOGER

BIOlogie et GEstion des Risques en agriculture - Champignons Pathogènes des Plantes

Frédéric Suffert

photo perso Frédéric Suffert

Ingénieur de Recherche (PhD, HDR) 

flag-eng

Equipe "Epidemiologie des Maladies Fongiques du Blé"

    

Institut National de la Recherche Agronomique
UMR BIOGER INRA-AgroParisTech
1 avenue Lucien Brétignières, 78850 Thiverval-Grignon, France

   

Tél +33 (0)1 30 81 54 35

Email frederic.suffert@inra.fr

Twitter @wheatpath

ORCID 0000-0001-6969-3878

Présentation

Je suis chercheur en épidémiologie végétale à l'Institut National de la Recherche Agronomique (INRA). J'ai une formation d'ingénieur agronome AgroCampus Ouest (Rennes) spécialisé en protection des cultures (1999), et suis titulaire d'un doctorat de phytopathologie (2006) et d'une HDR (2015). De 2000 à 2007 j'ai mené des recherches l'INRA de Rennes (IGEPP) sur l'épidémiologie des maladies d'origine tellurique (cavity spot de la carotte). Je travaille actuellement à l'INRA de Versailles-Grignon dans l'unité BIOGER et suis responsable de l'équipe Épidemiologie des Maladies Fongiques du Blé depuis 2013. J'y mène des recherches sur l'épidémiologie de la septoriose du blé (Zymoseptoria tritici), notamment sur les mécanismes biophysiques qui déterminent le développement de la maladie, sur la reproduction sexuée (incluant des travaux sur le microbiote des résidus de culture, source d'inoculum primaire), et sur l'adaptation des populations pathogènes à des environnements biotiques et abiotiques hétérogènes (résistance variétale, température). Ancien auditeur IHEDN (2006), je suis sollicité sur des problématiques de biosécurité des cultures (d'analyses de risques phytosanitaires jusqu'à des questions d'agroterrorisme). J'ai été membre du comité d'experts spécialisé Risques Biologiques pour la Santé des Végétaux de l'ANSES (2012-2018) et participe toujours ponctuellement à des travaux d'expertise. Depuis 2019 je suis membre du groupe de travail de la Plateforme DGAL-INRA-ANSES d'Epidémiosurveillance en Santé Végétale (ESV) en charge de l'élaboration de plans de surveillance et membre du comité scientifique du Plan National Dépérissement du Vignoble. Je suis secrétaire général de la Société Française de Phytopathologie (SFP) depuis 2016.

Projets de recherche

Publications

[48]

Boixel AL, Gélisse S, Marcel TC, Suffert F. Differential tolerance to changes in moisture regime during early infection stages in the fungal pathogen Zymoseptoria tritici. bioRxiv, submitted to Frontiers in Plant Science https://www.biorxiv.org/content/10.1101/867572v1 [pdf]

[47]

Boixel AL, Chelle M, Suffert F. Patterns of thermal adaptation in a worldwide plant pathogen: local diversity and plasticity reveal two-tier dynamics. Submitted to New Phytologist.

[46]

Karisto P, Suffert F, Mikaberidze A. 2019. Spatially-explicit modeling improves empirical characterization of dispersal: theory and a case study. bioRxiv, submitted to Proceedings of the National Academy of Sciences https://doi.org/10.1101/789156 [pdf]

[45]

Kerdraon L, Barret M, Laval V, Suffert F. 2019. Differential dynamics of microbial community networks help identify microorganisms interacting with residue-borne pathogens: the case of Zymoseptoria tritici in wheat. Microbiome 7: 125 https://microbiomejournal.biomedcentral.com/articles/10.1186/s40168-019-0736-0 [pdf]

[44]

Kerdraon L, Laval V, Suffert F. 2019. Microbiomes and pathogen survival in crop residues, an ecotone between plant and soil. Phytobiomes Journal 3: 246-255 https://apsjournals.apsnet.org/doi/10.1094/PBIOMES-02-19-0010-RVW [pdf]

[43]

Kerdraon L, Balesdent M-H, Barret M, Laval V, Suffert F. 2019. Crop residues in wheat-oilseed rape rotation system: a pivotal, shifting platform for microbial meetings. Microbial Ecology 4: 931-945 https://doi.org/10.1007/s00248-019-01340-8 [pdf]

[42]

Morais D, Duplaix C, Sache I, Laval V, Suffert F*, Walker A-S. 2019. Overall stability in the genetic structure of a Zymoseptoria tritici population from epidemic to interepidemic stages at a small spatial scale. European Journal of Plant Pathology 154: 423-436 https://doi.org/10.1007/s10658-018-01666-y [pdf] *co-last author

[41]

Boixel AL, Delestre G, Legeay J, Chelle M, Suffert F. 2019. Phenotyping thermal responses of yeasts and yeast-like microorganisms at the individual and population levels: proof-of-concept, development and application of an experimental framework to a plant pathogen. Microbial Ecology 78: 42-56 https://doi.org/10.1007/s00248-018-1253-6 [pdf]

[40]

Suffert F, Thompson R. 2018. Some reasons why the latent period should not always be considered constant over the course of a plant disease epidemic. Plant Pathology 67: 1831-1840 https://doi.org/10.1111/ppa.12894 [pdf]

[39]

Suffert F, Delestre G, Gélisse S. 2018. Sexual reproduction in the fungal foliar pathogen Zymoseptoria tritici is driven by antagonistic density-dependence mechanisms. Microbial Ecology 77: 110-123 https://doi.org/10.1007/s0024 [pdf]

[38]

Suffert F, Goyeau H, Sache I, Carpentier F, Gélisse S, Morais D, Delestre G. 2018. Epidemiological trade-off between intra- and interannual scales in the evolution of aggressiveness in a local plant pathogen population. Evolutionary Applications 11: 768-780 https://doi.org/10.1111/eva.12588 [pdf]

[37]

Soubeyrand S, Garreta V, Monteil C, Suffert F, Goyeau H, Berder J, Berge O, Moinard J, Fournier E, Tharreau D, Morris C, Sache I. 2017. Testing differences between pathogen compositions with small samples and sparse data. Phytopathology 107: 1199-1208 https://doi.org/10.1094/PHYTO-02-17-0070-FI [pdf]

[36]

Mumford J, Leach AW, Holt J, Suffert F, Sache I, Moignot B, Hamilton RA. 2017. Integrating crop bioterrorism hazards into pest risk assessment tools. In: Gullino ML, Stack J, Fletcher J, Mumford J (Eds.), Practical tools for plant and food biosecurity, Springer, p. 121-142 ISBN 978-3-319-46897-6 [pdf]

[35]

Suffert F. 2017. Characterization of the threat resulting from plant pathogens use as anti-crop bioweapons: an EU perspective on agroterrorism. In: Gullino ML, Stack J, Fletcher J, Mumford J (Eds.), Practical tools for plant and food biosecurity, Springer, p. 31-60 ISBN 978-3-319-46897-6 [pdf]

[34]

Suffert F, Delestre G, Carpentier F, Walker AS, Gazeau G, Gélisse S, Duplaix C. 2016. Fashionably late partners have more fruitful encounters: impact of the timing of co-infection and pathogenicity on sexual reproduction in Zymoseptoria tritici. Fungal Genetics and Biology 92: 40-49 http://dx.doi.org/10.1016/j.fgb.2016.05.004 [pdf]

[33]

Morais D, Gélisse S, Laval V, Sache I, Suffert F. 2016. Inferring the origin of primary inoculum of Zymoseptoria tritici from differential adaptation of resident and immigrant populations to wheat cultivars. European Journal of Plant Pathology 145: 393-404. http://dx.doi.org/10.1007/s10658-015-0853-y [pdf]

[32]

Morais D, Sache I, Suffert F*, Laval V. 2016. Is onset of Septoria tritici blotch epidemics related to local availability of ascospores? Plant Pathology 65: 250-260 http://dx.doi.org/ 10.1111/ppa.12408 [pdf] *co-last author

[31]

Suffert F, Ravigné V, Sache I. 2015. Seasonal changes drive short-term selection for fitness traits in the wheat pathogen Zymoseptoria tritici. Applied and Environmental Microbiology 81: 6367-6379 http://dx.doi.org/10.1128/AEM.00529-15 [pdf]

[30]

Siou D, Gélisse S, Laval V, Suffert F, Lannou C. 2015. Mutual exclusion between fungal species of the FHB complex in a wheat spike. Applied and Environmental Microbiology 81: 4682-4689. http://dx.doi.org/10.1128/AEM.00525-15 [pdf]

[29]

Morais D, Laval V, Sache I, Suffert F. 2015. Comparative pathogenicity of sexual and asexual spores of Zymoseptoria tritici (Septoria tritici blotch) on wheat leaves. Plant Pathology 64: 1429–1439 http://dx.doi.org/10.1111/ppa.12372 [pdf]

[28]

Siou D, Gélisse S, Laval V, Repinçay C, Bourdat-Deschamps M, Suffert F, Lannou C. 2015. Interactions between head blight pathogens: consequences on disease development and toxins production in wheat spikes. Applied and Environmental Microbiology 81: 957-965 http://dx.doi.org/10.1128/aem.02879-14 [pdf]

[27]

Gautier A, Marcel T, Confais J, Crane C, Kema G, Suffert F, Walker A-S. 2014. Development of a rapid multiplex SSR genotyping method to study populations of the plant pathogenic fungus Mycosphaerella graminicola. BMC Research Notes 7: 373 http://dx.doi.org/10.1186/1756-0500-7-373 [pdf]

[26]

Siou D, Gelisse S, Laval V, Repinçay C, Canalès R, Suffert F, Lannou C. 2013. Effect of wheat spike infection timing on Fusarium head blight development and mycotoxin accumulation. Plant Pathology 63: 390-399 http://dx.doi.org/10.1111/ppa.12106 [pdf]

[25]

Suffert F, Sache I, Lannou C. 2013. Assessment of quantitative traits of aggressiveness in Mycosphaerella graminicola on adult wheat plants. Plant Pathology 62: 1330-1341 http://dx.doi.org/10.1111/ppa.12050 [pdf]

[24]

Bernard F, Sache I, Suffert F, Chelle M. 2013. The development of a foliar fungal pathogen does react to leaf temperature! New Phytologist 198: 232-240 http://dx.doi.org/10.1111/nph.12134 [pdf]

[23]

Reynaud P, Le Fay-Souloy C, Moignot B, Suffert F. 2012. The European PLANTFOODSEC project: Framework for a national approach to analyse and prioritise plant health risks. EuroReference 7: 32-35 (not peer-reviewed) [pdf]

[22]

Ben Slimane R, Bancal P, Suffert F, Bancal M-O. 2012. Localized septoria leaf blotch lesions in winter wheat flag leaf do not accelerate apical senescence during necrotrophic stage. Journal of Plant Pathology 94: 543-553 http://dx.doi.org/10.4454/JPP.FA.2012.055 [pdf]

[21]

Suffert F, Sache I. 2011. Relative importance of different types of inoculum to the establishment of Mycosphaerella graminicola in wheat crops in north-west Europe. Plant Pathology 60: 878-889 http://dx.doi.org/10.1111/j.1365-3059.2011.02455.x [pdf]

[20]

Suffert F, Sache I, Lannou C. 2011. Early stages of Septoria tritici blotch epidemics of winter wheat: Build-up, overseasoning, and release of primary inoculum. Plant Pathology 60: 166-177 http://dx.doi.org/10.1111/j.1365-3059.2010.02369.x [pdf]

[19]

Sache I, Roy A-S, Suffert F, Desprez-Loustau M-L. 2011. Invasive plant pathogens in Europe. In: Biological invasions: Economic and environmental costs of alien plant, animal, and microbe species, Pimentel D (Eds.), CRC Press, London, 227-242 http://dx.doi.org/10.1201/b10938-14 [pdf]

[18]

Suffert F. 2010. Emergences épidémiologiques non-conventionnelles et analyse de risque : le cas de la biosécurité agricole et de l'agroterrorisme. In: Barnouin J et Sache I (Eds), Les maladies émergentes. Épidémiologie chez le végétal, l'animal et l'homme, Quae Editions, p. 373-384 ISBN 978-2-7592-0510-3

[17]

Stack J, Suffert F, Gullino ML. 2010. Bioterrorism: A threat to plant biosecurity? In: Gullino ML et Strange RN (Eds), The role of plant pathology in food safety and food security, Springer, p. 115-132 http://dx.doi.org/10.1007/978-1-4020-8932-9_10 [pdf]

[16]

Gosme M, Suffert F, Jeuffroy MH. 2010. Intensive versus low-input cropping systems: What is the optimal partitioning of agricultural area in order to reduce pesticide use while maintaining productivity? Agricultural Systems 103: 110-116 http://dx.doi.org/10.1016/j.agsy.2009.11.002 [pdf]

[15]

Barbier M, Sache I, Prete G, Suffert F. 2009. Cultures en péril ? L'affaire de tous. Pour La Science 65: 110-115 (not peer-reviewed) [pdf]

[14]

Suffert F, Latxague E, Sache I. 2009. Plant pathogens as agroterrorist weapons: Assessment of the threat for European agriculture and forestry. Food Security 1: 221-232 http://dx.doi.org/10.1007/s12571-009-0014-2 [pdf]

[13]

Suffert F, Barbier M, Sache I, Latxague E (2008) Biosécurité des cultures et agroterrorisme. Une menace, des questions scientifiques et une opportunité : réactiver un dispositif d’épidémiovigilance. Le Courrier de l'Environnement 56: 67-86 (not peer-reviewed) [pdf]

[12]

Suffert F, Lucas JM (2008) Lateral roots of carrot have a low impact on alloinfections involved in a cavity spot epidemic caused by Pythium violae. Journal of General Plant Pathology 74: 296-301 http://dx.doi.org/10.1007/s10327-008-0104-6 [pdf]

[11]

Suffert F, Delalande D, Prunier M, Andrivon D. 2008. Modulation of primary and secondary infections in epidemics of carrot cavity spot through agronomic management practices. Plant Pathology 57: 109-121 http://dx.doi.org/10.1111/j.1365-3059.2007.01708.x [pdf]

[10]

Suffert F, Montfort F. 2008. Pathometric relationships reveal epidemiological processes involved in carrot cavity spot epidemics. European Journal of Plant Pathology 122: 425-436 http://dx.doi.org/10.1007/s10658-008-9309-y [pdf]

[9]

Suffert F. 2007. Cavity spot de la carotte, l’épidémiologie appliquée à la gestion des risques parasitaires. Comprendre et modéliser les mécanismes d’une maladie d’origine tellurique dans une perspective de protection intégrée. Phytoma 601: 36-40 (not peer-reviewed) [pdf]

[8]

Latxague E, Sache I, Pinon J, Andrivon D, Barbier M, Suffert F. 2007. A methodology for assessing the risk posed by the deliberate and harmful use of plant pathogens in Europe. EPPO Bulletin 37: 427-435 http://dx.doi.org/10.1111/j.1365-2338.2007.01118.x [pdf]

[7]

Desprez-Loustau ML, Robin C, Buée M, Courtecuisse R, Garbaye J, Suffert F, Sache I, Rizzo D. 2007. The fungal dimension of biological invasions. Trends in Ecology and Evolution 22: 472-480 http://dx.doi.org/10.1016/j.tree.2007.04.005 [pdf]

[6]

Suffert F, Montfort F. 2007. Demonstration of secondary infection by Pythium violae in epidemics of carrot cavity spot using root transplantation as method of soil infestation. Plant Pathology 56: 588-594 http://dx.doi.org/10.1111/j.1365-3059.2007.01566.x [pdf]

[5]

Suffert F. 2007. Kinetics modelling of the carrot cavity spot caused by a complex of pathogens of the genus Pythium dominated by Pythium violae. Canadian Journal of Plant Pathology 29: 41-55 http://dx.doi.org/10.1080/07060660709507436 [pdf]

[4]

Suffert F, Guibert M. 2007. The ecology of a Pythium community in relation to the epidemiology of carrot cavity spot. Applied Soil Ecology 35: 488-501 http://dx.doi.org/10.1016/j.apsoil.2006.10.003 [pdf]

[3]

Suffert F. 2005. A theoretical approach to the 'complementation' notion concerning strategies of crop protection. Phytoprotection 86: 89-92 http://dx.doi.org/10.7202/012509ar [pdf]

[2]

Suffert F. 2003. L'utilisation volontaire d'agents phytopathogènes contre les cultures. Phytoma 563: 8-12 (not peer-reviewed) [pdf]

[1]

Suffert F. 2002. L'épidémiologie végétale, nouvelle discipline de guerre ? Lumière sur le bioterrorisme agricole, un enjeu émergent pour la recherche agronomique. Le Courrier de l'Environnement 47: 57-69 (not peer-reviewed) [pdf]

Doctorants encadrés

Carolina Orellana-Torrejon

(depuis 2018 ; co-directeur de thèse)

"Impact d'associations variétales sur la dynamique locale de contournement d'une résistance : cas de la transmission inter-épidémique d'une virulence récemment apparue dans les populations de Zymoseptoria tritici" (ABIES)

Safa Ben Krima

(depuis 2017 ; co-encadrant)

"Adaptation de Zymoseptoria tritici à des populations de blé dur génétiquement hétérogènes de Tunisie" (ABIES)

Anne-Lise Boixel

(depuis 2015 ; co-directeur de thèse)

"Réponses adaptatives de populations d'agents phytopathogènes aériens aux variations spatio-temporelles de la température : des patrons d'adaptation phénotypiques aux dynamiques éco-évolutives" (ABIES)

Lydie Kerdraon

(2015-2019 ; directeur de thèse)

"Caractérisation de la diversité microbienne des résidus de blé et de colza en vue de réduire l'inoculum primaire de Zymoseptoria tritici et Leptosphaeria maculans" (ABIES)

David Morais

(2011-2015 ; co-encadrant)

"Les déterminants des phases épidémiques précoces de la septoriose du blé (Zymoseptoria tritici) : quantité, efficacité et origine de l'inoculum primaire" [pdf] (ABIES)

Frédéric Bernard

(2009-2012 ; co-encadrant)

"Le développement d'un champignon pathogène foliaire réagit à la température. Mais à quelle température ?" [pdf] (ABIES)