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Dans le cadre du programme "Investissements d'avenir" lancé par le gouvernement français en 2012, le projet de création de l'Université Paris-Saclay a été récompensé par l'une des initiatives d'excellence (IDEX), des programmes ayant pour objectif de créer classement des universités en France (Communauté des universités et institutions - COMUE). La création de l'Université Paris-Saclay, avec la participation d'INRAE et d'AgroParisTech en tant qu'institutions fondatrices, intègre pleinement ECOSYS dans la future université, qui a été formalisée par la signature de nos publications, mentionnant l'Université Paris-Saclay depuis 2016.

ECOSYS est intégré au département des sciences de la vie; ECOSYS avait contribué à la rédaction du livre blanc du département (participation d'Enrique Barriuso), document fondateur de la structure et de la stratégie scientifique du département. ECOSYS est actuellement représenté au conseil du département (dont Isabelle Lamy est membre élue). . La plupart de nos masters sont intégrés à la BASE School co-dirigée par un enseignant-chercheur d’ECOSYS (Benoît Gabrielle). INRAE est représenté au conseil de l’école par une autre personne d’ECOSYS (Enrique Barriuso).

COMUE Paris-Saclay est la clé stratégique pour l'intégration régionale d'ECOSYS, qui permet l'organisation de nouveaux partenariats de recherche et son insertion dans des programmes de recherche-formation de rang mondial. Bien que nous en soyons encore à la phase de création, nous avons déjà reçu certains avantages pratiques, notamment la coordination de la formation en matière d’environnement entre différentes institutions, afin de proposer des voies hautement multidisciplinaires; financement de deux chaires permettant d'accueillir deux professeurs étrangers (Rota Wagai, Gregory Starr); support aux applications d’équipement lourd en Île-de-France (Phytotron)

- projet PhAIRE); et cofinancement d'événements (atelier Living-Lab).