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Ce programme rassemble treize laboratoires dans un projet de recherche multidisciplinaire axé sur la compréhension et la prévision de la dynamique des socio-écosystèmes dans le contexte des changements globaux, en particulier du changement climatique. L'application de concepts et de méthodes agroécologiques pour accroître la viabilité et l'adaptabilité des agro-écosystèmes et des terres agricoles est un thème unificateur. ECOSYS est une unité fondatrice et participe au Comité exécutif (Pierre Cellier). ECOSYS a été particulièrement impliqué dans la responsabilité du co-pilotage de projets phares liés au climat (Pierre Cellier), à l'agriculture périurbaine (Erwan Personne), à ​​la modélisation intégrée (Benjamin Loubet), aux changements d'affectation des sols (Benoît Gabrielle, Patricia Garnier), et à l’animation des réseaux de sols (Enrique Barriuso, Céline Pelosi, Claire Chenu) et des réseaux d’écotoxicologie (Christian Mougin).

Dans le cadre de ces projets phares, le LabEx BASC a financé de nombreuses actions menées par ECOSYS sous forme de projets de recherche, de bourses et d'événements post-doctoraux et de stages. Entre 2013 et 2018, ECOSYS comptait 25 opérations distinctes financées par le LabEx BASC, pour un montant total de 764 000 €.