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Dernière mise à jour : Mai 2018

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ECOSYS Bienvenue

UMR ECOSYS - Ecologie fonctionnelle et écotoxicologie des agroécosystèmes

Biologie environnementale

Groupe coordonné par Nathalie Cheviron

BioChemEnv
ECOSYS a permis de consolider le développement d'un groupe technique sur la caractérisation biologique des compartiments aériens et souterrains des agro-écosystèmes.

Ce groupe mobilise des compétences en biologie du sol en association avec la plateforme d'analyse biochimique (Biochem-Env du projet AnaEE-France). Les techniques et méthodes utilisées dans ce groupe sont les suivantes (Fig. 24): techniques de culture microbiologique, morphométrie, microscopie, techniques d’incubation aux 14C et 13C, respirométrie au 13C pour l’abondance naturelle et étiquetage artificiel, PLFA (pour analyser la structure des communautés microbiennes et macrofaune), analyse de l’ergostérol, analyse des protéines, spectrophotométrie (plaques à puits multiples, absorption, fluorimétrie) pour les mesures de l’activité enzymatique et microbienne, électrophorèse, analyse du sucre, mesures de l’architecture des plantes (LAI, analyse d’image, numériseur électromagnétique), et l'analyse des échanges gazeux.

Plusieurs réunions ont été organisées entre mai 2013 et mai 2015 pour (i) présenter les objectifs et définir le profil humain du groupe, les compétences techniques et le matériel disponible et définir une organisation (Mai 2013, 2,5 jours); (ii) présenter et visiter les différents laboratoires d'ECOSYS (septembre 2014, 2,5 jours); (iii) élaborer un programme de séminaires techniques basé sur des questionnaires (janvier 2015, ½ journée); et (iv) organiser des séminaires sur les techniques d'échantillonnage biologique (mai 2015, ½ journée).

Les objectifs du groupe étaient de répartir l'assistance technique d'échanger sur les connaissances et les compétences pour promouvoir les opportunités d'innovation. Les nouvelles limites de cette nouvelle organisation sont la distance entre les trois laboratoires, une différence d’organisation et de gestion, et la crainte de la dispersion et de la déconnexion des projets de recherche.

Semblable aux autres groupes techniques, ce groupe est un moteur d’innovation méthodologique, allant jusqu’à la standardisation, l’une des missions de la plateforme Biochem-Env. Les réalisations importantes incluent l’étiquetage IBISA de la plate-forme et l’obtention de l’accréditation ISO 9001. Cette plate-forme, largement ouverte aux partenaires extérieurs (dans le cadre de projets collaboratifs), propose des services de développement et de veille technologique, des outils de caractérisation biochimique (biomarqueurs enzymatiques et lipidiques, activité catabolique), des matrices environnementales solides (sols et sédiments) et terrestres, et la macrofaune benthique (biomarqueurs enzymatiques, réserves énergétiques). Biochem-Env est une plateforme de recherche unique en biochimie reconnue par le ministère de la Recherche, incluse dans le projet d'infrastructure AnaEE-France et dans AgroBRC-RARE (RARE est une infrastructure de recherche figurant dans la feuille de route française des centres de ressources biologiques -BRC).